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高通量组织研磨仪在植物总 RNA 提取中的完整解决方案

更新时间:2025-11-14点击次数:24

   

高通量组织研磨仪在植物总 RNA 提取中的完整解决方案

植物总 RNA 的提取是分子生物学实验(如 qRT-PCR、转录组测序)的关键第一步。然而,植物组织具有坚固的细胞壁、富含多糖多酚以及高活性的 RNase,使得高质量 RNA 的获取充满挑战。传统液氮研磨方法效率低下、重复性差,且过程中易导致 RNA 降解。本解决方案详细介绍了高通量组织研磨仪如何通过高效、低温、标准化的研磨步骤,成为解决这一技术难点的理想工具。

1. 技术挑战与解决方案原理

1.1 植物 RNA 提取的主要挑战

细胞壁坚固:许多植物组织(如叶片、根、种子)具有坚韧的纤维素和木质素细胞壁,物理上难以有效破碎,导致细胞内容物释放不充分。

RNA 易降解:植物细胞中含有大量内源性 RNase,一旦组织破碎,RNase 会迅速释放并降解 RNA。传统的液氮研磨过程中,若研磨时间过长或温度回升,极易导致 RNA 大面积降解。

干扰物质多:植物组织通常富含多糖、多酚、色素等次生代谢物。这些物质在研磨后与核酸共提,会严重抑制后续的酶促反应(如逆转录、PCR)。

通量与一致性低:手动研磨效率低,难以处理大批量样本,且不同操作者或同一操作者不同时间点的研磨效果差异大,导致实验重复性差。

1.2 高通量研磨仪的解决方案

高通量组织研磨仪通过其独特的工作原理,针对性地解决了上述难题:

高效破碎:通过研磨珠(如氧化锆珠)在高速振动下产生的巨大撞击力和剪切力,瞬间突破植物细胞壁,实现细胞充分破碎。

低温防降解:设备支持预冷冻适配器技术,可在研磨全程维持样本处于 - 50℃以下的低温环境。此低温条件能有效抑制 RNase 活性,为 RNA 的完整性提供关键保护。

标准化流程:自动化的参数设置(时间、频率)确保了所有样本在一致的条件下得到处理,消除了人为误差,保证了批次内和批次间的高度可重复性。

高通量处理:一次运行可同时处理多达 96 个甚至 192 个样本,显著提升了实验效率,满足了转录组学等研究对大样本量的需求。

图:高通量组织研磨仪工作原理示意图

高通量组织研磨仪在植物总 RNA 提取中的完整解决方案

2. 标准化操作流程方案(以典型植物叶片为例)

2.1 实验前准备

设备与耗材:

高通量组织研磨仪、专用冷冻适配器及底座、2ml 离心管、氧化锆研磨珠(直径 3-5mm)、液氮、预冷的植物 RNA 提取试剂盒

安全防护:

佩戴防冻手套、护目镜和实验服,全程规范操作液氮。

2.2 操作步骤

样本准备:取适量植物叶片(约 50-100mg),用无菌刀片快速切碎,放入 2ml 离心管中;立即向管内加入一颗研磨珠和适量的裂解液(如 TRK 裂解液,其中可能已包含硫基乙醇等 RNase 抑制剂);盖紧管盖,短暂涡旋混匀。

适配器预冷:将装有样本的离心管对称地放入适配器的孔位中,确保平衡;将整个适配器轻轻浸入液氮中,冷冻 1-2 分钟,直至液氮停止剧烈沸腾。

设备参数设置:迅速将预冷好的适配器从液氮中取出,立即安装到研磨仪上并锁紧;在触摸屏上设置研磨参数,推荐起始参数为频率 30Hz、时间 45 秒、循环次数 1 次。

启动与回收:确认设备盖闭合后,启动研磨程序;程序结束后,立即取出适配器,并快速将样本管转移至冰上;短暂离心(如 12000 rpm,30 秒),使管内壁的冷凝水和裂解物汇集至管底;立即进行后续的 RNA 提取步骤(如相分离、沉淀、洗涤等)。

2.3 关键注意事项

速度至关重要:从液氮中取出适配器到启动研磨的间隔时间应尽可能短(建议在 30 秒内),以防止样本解冻。

平衡放置:样本管必须对称放置,以确保仪器平稳运行和所有样本研磨效果一致。

参数优化:对于不同质地的植物组织,需对研磨时间和频率进行优化。例如,多肉组织可适当降低时间频率,而木质化根茎则需增加。

表:不同植物组织类型的推荐研磨参数

组织类型

研磨珠材质

推荐频率 (Hz)

推荐时间 (秒)

特殊建议

幼嫩叶片

氧化锆

28-32

30-45

标准流程即可

成熟叶片

氧化锆

30-35

45-60

可酌情增加时间

植物根系

氧化锆

32-38

60-90

建议液氮充分预冷

种子 / 胚乳

氧化锆 / 碳化钨

35-40

90-120

需高强度破碎

多浆组织

氧化锆

25-30

20-40

避免过度研磨产生多糖

3. 方案优势与质量评估

本解决方案相比传统方法,在 RNA 的质量、得率和实验效率上均有显著提升。

3.1 核心优势

   优良的 RNA 完整性:全程低温操作最大限度地保护了 RNA,经 Agilent 2100 Bioanalyzer 检测,提取的总 RNA 的 RNA 完整性指数通常优于 8.0,28S/18S rRNA 条带比值清晰接近 2:1,满足高通量测序的严苛要求。

高得率与高纯度:高效的破碎确保细胞内容物释放。使用本方案从拟南芥叶片中提取的总 RNA 得率通常稳定在 4-6 μg/mg 组织之间;核酸蛋白检测仪显示,OD260/280 比值通常在 2.0-2.1 之间,OD260/230 比值大于 2.0,表明 RNA 中蛋白质和多糖 / 多酚类杂质污染极少。

   优异的重复性:自动化流程消除了人为变量。在同一批次内,不同样本间 RNA 得率的变异系数可控制在 5% 以内,为准确的基因表达定量分析奠定了坚实基础。

高效的实验流程:可在 10 分钟内完成 96 个样本的研磨准备,极大缩短了样本前处理时间,使研究人员能将更多精力投入到数据分析中。

4. 总结

   高通量组织研磨仪通过将高效机械破碎与全程低温控制相结合,为植物总 RNA 提取这一经典难题提供了高效、稳定、可靠的完整解决方案。它不仅解决了 RNA 降解和多糖多酚污染等技术痛点,更通过其高通量和标准化的特性,显著提升了科研工作的效率和数据的可靠性,是进行大规模植物分子生物学研究的重要工具。



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